در چیلر آبی باید برج خنک کننده و سیستم لوله کشی برج و پمپها را در نظر گرفت بنابراین در هزینه موتورخانه گران تر می شود و تعمیر چیلر و نگهداری موتورخانه باعث گران تر شدن آن می شود. همچنین اسید شویی سالیانه چیلر با توجه به سختی آب و مصرف آب برای برج خنک کن چیلر نیز در نظر گرفته شود. اما چیلر با کندانسور آبی دارای مصرف کمتر برق و راندمان بالاتر نسبت به چیلرهوایی می باشد. چون ضریب انتقال حرارت هوا کمتر از آب می باشد بنابراین در چیلر با کندانسور هوایی برای جبران آن باید حجم کندانسور هوایی نسبت به کندانسور آبی بزرگ تر می باشد که این عامل گزاف تر شدن قیمت اولیه چیلر هوا خنک می باشد.
در کمپرسورهای چیلر هر چه دمای تقطیر پایین تر برای سیستم طراحی گردد موجب افزایش توان برودتی می گردد.
